- Hội đồng Khoa học của Viện gồm các nhà khoa học có uy tín trong các ngành khoa học và công nghệ môi trường trong và ngoài Viện.
- Hội đồng Khoa học của Viện do Viện trưởng bổ nhiệm dựa theo năng lực, phẩm chất của nhà khoa học và nhu cầu của Viện.
- Hội đồng Khoa học có các chức năng, nhiệm vụ sau:
- Tư vấn cho Ban lãnh đạo Viện về định hướng phát triển KH và CN.
- Xét duyệt các đề án, dự án , chương trình khoa học lớn của Viện.
- Hội đồng Khoa học họp thường kỳ 6 tháng/lần và có thể họp đột xuất theo quyết định của Viện trưởng.