Cơ cấu tổ chức của Viện gồm:
1. Hội đồng khoa học – công nghệ
2. Ban điều hành gồm:
- Viện trưởng
- Phó Viện trưởng
3. Các phòng chuyên môn
- Phòng Kế hoạch – Hành chính – Tài chính
- Phòng Nghiên cứu – Triển khai về công nghệ môi trường
- Phòng Nghiên cứu – Triển khai về khoa học môi trường
4. Chi nhánh của Viện - Chi nhánh miền Bắc - Văn phòng đại diện tại miền Trung